SMA yang lebih dikenal dengan nama De Britto atau “JB” (kependekan dari Johanes De Britto) ini mempunyai sejarah yang cukup panjang. Bermula dari suatu kebutuhan mendesak waktu itu. Sesaat setelah pemerintah pendudukan Jepang mencabut peraturan yang melarang pihak swasta mendirikan sekolah, para Bruder CCI bersama suster-suster Carolus Borromeus dan Fransiskanes mendirikan sebuah sekolah menengah katolik, setingkat SMP. Untuk menampung lulusan SMP itulah dirasa mendesak adanya sebuah sekolah menengah atas yang bersendikan asas-asas katolik.

Atas persetujuan bersama Yayasan Kanisius di bawah pemimpin Romo Djojoseputro dengan para romo Jesuit dan para suster Carolus Borromeus didirikanlah Sekolah Menengah Atas Kanisius, yang dibuka secara resmi pada tanggal 19 Agustus 1948. Murid angkatan pertama adalah campuran putra-putri berjumlah 65 orang. Waktu itu tempatnya menumpang di ruang atas SMP Bruderan Kidul Loji. Tidak lama setelah diresmikan, jabatan pemimpin sekolah yang semula (untuk sementara) dipegang Romo B. Sumarno, S.J. diserahkan kepada Romo R. van Thiel, S.J. Karena situasi sosial politik yang ada, sekolah yang baru berlangsung lima bulan itu akhirnya bersama-sama sekolah lain ditutup karena clash kedua tentara Belanda pada tanggal 18 Desember 1948.

Setelah keadaan tenang, persiapan untuk mulai mengadakan kegiatan sekolah segera dilaksanakan. Bagian putri sudah bisa memulai kegiatan sekolah lagi pada bulan Agustus 1949, sedangkan bagian putra baru dapat dibuka pada bulan Oktober 1949, mengingat banyak pemuda yang baru pulang dari medan perang. Ketika sekolah dibuka kembali, bagian putra dan putri mulai dipisahkan. Bagian putra yang kemudian menempati gedung di Jalan Bintaran Kulon 5 ini diasuh oleh para romo Jesuit, dan memakai nama SMA Santo Johanes De Britto. Bagian putri di bawah asuhan para suster Carolus Borromeus, menempati gedung di Jalan Sumbing 1 (sekarang Jalan Sabirin). Mereka memakai nama SMA Stella Duce yang berarti Bintang Penuntun.

Pada bulan Mei 1958 SMA Kolese De Britto dipindahkan ke Demangan. Sekolah menempati kompleks gedung yang luas dan dilengkapi dengan lapangan olah raga, aula, ruang-ruang laboratorium, dan lain-lain. Lokasi sekolah inilah yang kemudian lebih dikenal dengan alamat Jalan Laksda Adisucipto 161 Yogyakarta. Karena pemerintah mengeluarkan peraturan yang melarang orang berkewarganegaraan asing mengajar di sekolah dasar dan menengah, pada permulaan tahun ajaran baru, 1 Agustus 1960, Romo P.F.C. Teeuwisse, S.J. yang masih WNA diganti oleh direktur baru, Romo Th. Koendjono, S.J. Dua tahun kemudian tepatnya 1 Agustus 1962 kepengurusan SMA Stella Duce yang semula masih disatukan dengan SMA Kolese De Britto, resmi diserahkan kepada Yayasan Tarakanita, sedangkan SMA Kolese De Britto tetap diasuh oleh Yayasan De Britto yang secara ex officio diketuai oleh romo Jesuit sebagai rektor kolese.