Bea siswa merupakan bentuk konkret dari kepedulian Kolese De Britto kepada siswa yang sungguh-sungguh kurang mampu secara finansial, tetapi memiliki kemampuan intelektual yang relatif cukup baik dan dapat berkembang secara optimal. Sumber dana bea siswa berasal dari pemerintah, Yayasan De Britto, alumni, orang tua siswa dan donator. Bea siswa dikelola oleh Tim Bea Siswa yang ditunjuk oleh kepala sekolah. Kekhasan bea siswa De Britto terletak pada pendampingan yang terus-menerus berkaitan dengan perkembangan intelektual dan kepribadian siswa penerima bea siswa. Pendampingan tersebut dilakukan melalui interaksi sehari-hari dalam situasi yang informal, wawancara khusus ketika siswa penerima bea siswa mengambil uang bulanan, atau melalui pendampingan klasikal yang diselenggarakan resmi oleh Tim Bea Siswa.